声韵反切之学，在这一时期，也取得突出的成就。从东汉末年起，中土文士受到梵音拼音方法的影响，开始创反切来注字音。孙炎的《尔雅音义》八卷，就是采用反切来注《尔雅》字音的。 三国以后，反切更为盛行，高贵乡公不解反切，至当时以为怪异。 魏李登《声类》，分所收之字为宫、商、角、微、羽五部。西晋吕静《韵集》六卷，又按宫、商、角、微、羽分卷，并立韵部。齐梁时代，
文士追求声律，特别讲究音韵之学。当时周题著《四声切韵》，“字皆有纽，纽有平上去入之异”(《封氏闻见记》卷2)。沈约著《四声韵谱》，一时文士，咸取准则。在北朝，李概撰《音谱》四卷， 阳休之撰《韵略》一卷，都很重视声韵之学。
颜之推在《颜氏家训·音辞篇》里说当时讲求声韵之学，“音韵锋出”，著作甚多。但这些著作都杂有方音，“各有土风，递相非笑”，莫衷一是。他认为南朝建业，北朝洛阳，这两处的方言比较近正，因此主张“共以帝王都邑，参校方俗，考核古今，为之折衷”，来制订一种标准语言。北周末年至隋开皇初年，颜之推、陆法言、萧该、卢思道等九人在长安共同商榷音韵之学，认为“古今声调，既自有别，诸家取舍，亦复不同。吴楚则时伤轻浅，燕赵则多涉重浊，秦陇则去声为入，梁益则平声似去”。吕静以下诸家韵书，又“各有乖互”。“江东取韵，与河北复殊”。他们因此讨“论南北是非，古今通塞，欲更捃选精切，除削疏缓”(陆法言《切韵序》》,编制一部标准的韵书。不久陆法言就在以前讨论的基础上，“取诸家音韵，古今字书”，并博采众记，费了二十年的时间，于隋仁寿元年(公元601年)，撰成《切韵》五卷。《切韵》综合古今南北语言，吸取前人韵书长处，奠定汉字音韵学的基础，是
一部重要的韵书。
从上面的事实看来，魏晋南北朝时期的经学，有其独特的成就，后世所遵用的注本，如《周易》王弼注，《左传》杜预集解，《穀梁》范宁集解，《论语》何晏集解，《尔雅》郭璞注，以及字书《玉篇》，韵书《切韵》，都是这一时期的作品，这也说明当时的经学是在继续发展中。
南北的学风，本来是略有区别的，所谓“北人学问，渊综广博”；“南人学问，清通简要”。“北人看书，如显处视月；南人学问，如牖中窥日。”(《世说新语·文学篇》)“南人约简，得其英华； 北学深芜，穷其枝叶。”因此“南北所为章句，好尚互有不同。江左《周易》则王辅嗣，《尚书》则孔安国，《左传》则杜元凯；河洛《左传》则服子慎(虔)，《尚书》、《周易》则郑康成。《诗》则并主于毛公，《礼》则同遵于郑氏”(《北史·儒林传》)。除了《诗》《礼》南北同遵毛、郑以外，一般来讲，南朝采用魏晋以来的新注多，北朝遵守汉代的旧注多。因为汉代的旧注，比较烦琐，所以要说他们“深芜”、“广博”；因为魏晋的新注，在当时说来，比较有一些新颖的见解，所以说他们“清通”、“约简”。